Il 2004, anno in cui Genova è stata Capitale europea della Cultura, segna una svolta importante per il Premio: infatti la prima edizione tenutasi dopo la decisione di biennalizzare il concorso ed è la 50 da quando il concorso è stato istituito. Il nuovo Comitato Artistico, presieduto dal Sindaco di Genova, Giuseppe Pericu, è composto, tra gli altri, dai rappresentanti delle istituzioni musicali cittadine (Fondazione Teatro Carlo Felice, GOG "Giovine Orchestra Genovese" ed il Conservatorio Statale di Musica "Niccolò Paganini").

Il ruolo di direttore artistico viene affidato a Cesare Mazzonis, figura di rilievo nel mondo musicale internazionale, che ricopre anche il ruolo di presidente della Giuria del concorso. La decisione di non assegnare il primo premio nel 2004 va interpretata come un segnale di maggiore serietà e prestigio dello stesso concorso. Gradualmente vengono introdotte alcune novità: a cominciare dalla preselezione dei concorrenti, alla commissione di un nuovo brano scritto appositamente per il concorso (Syncopations di Azio Corghi) e, per finire, all'aumento della somma assegnata al primo premio, portandola al livello di altri premi internazionali.